Gemäss einer Medienmitteilung von BAV, SBB und Kanton Uri vom 8. Juli 2014, haben sich der Kanton Uri, das BAV und die SBB bezüglich des Ausbaues der Station Altdorf zu einem Bahnhof mit IC-Halten geeinigt.
Die endgültige Realisierung dieser von der Urner Regierung gewünschten IC-Halte in einem neuen "Kantonalbahnhof Uri" wird allerdings bis Mitte 2021 warten müssen.
Festgelegt wurden aktuell die Eckwerte, insbesondere welche und wieviele IC-Züge den Kantonsbahnhof Uri künftig künftig bedienen werden.
Die SBB beabsichtigt, den Bahnhof in Altdorf bis zirka Mitte 2021 zu einem „Kantonsbahnhof Uri“ auszubauen.
Diese Umbauarbeiten werden, wegen der zahlreichen Baustellen auf der Gotthard-Strecke erst nach der Inbetriebnahme des Ceneri-Basistunnels Ende 2019 in Angriff genommen werden können. Die Inbetriebnahme des neuen Bahnhofs ist deshalb erst Mitte 2021 vorgesehen.
Derzeit befindet sich das Projekt in der Planungsphase. Es umfasst die Verlängerung der Perrons von heute 220 auf 420 Meter, Anpassungen der Gleis- und Signalanlagen sowie die Verlängerung der Personenunterführung mit neuen Rampen und Treppenaufgang.
Wenn der Kantonsbahnhof Altdorf 2021 fertiggestellt ist, hält dort der zweistündlich durch den Gotthard-Basistunnel verkehrende Intercity Basel-Lugano. Ab dann werden also in Altdorf pro Tag 14 durch den Gotthard-Basistunnel verkehrende Intercity-Züge Basel-Lugano (8 in Richtung Süden, 6 in Richtung Norden) halten.
Auch die stündlichen InterRegio (täglich 2x 17), welche zukünftig in Erstfeld gestürzt werden, halten zusätzlich im Bahnhof Altdorf.
Weiter wird der neue «Innerschweizer Sprinter», welcher am Morgen von Erstfeld nach Zürich und am Abend wieder zurück nach Erstfeld verkehrt, ebenfalls im Kantonsbahnhof Uri Halt machen.
Bis der neue Kantonsbahnhof in Altdorf Mitte 2021 in Betrieb genommen wird, sollen jene Intercity-Züge, welche ab Fahrplanwechsel im Dezember 2016 durch den Gotthard-Basistunnel verkehren, in Flüelen halten.
Diese Absicht wird dann in der Medienmitteilung allerdings auch gleich wieder relativiert, denn in den Jahren 2017 bis 2019 kann das angestrebte zweistündliche Angebot wegen der Baustellen auf der Ostseite des Zugersees und am Axen noch nicht realisiert werden.
Ein definitiver Entscheid zur Anzahl der Halte in Flüelen kann somit erst aufgrund der Erkenntnisse aus dem Testbetrieb im Gotthard-Basistunnel gefällt werden,
welcher von Herbst 2015 bis Frühling 2016 geplant ist.